3Dmol.js 支持的文件格式包括 pdb, sdf, mol2, xyz, cube

 

　　如果手里的文件是其他格式，可以通过 ase 来进行转换。命令行运行如下即可：

 

　　拿到的结构文件可以放在博文或者笔记的路径里，也可以转换成一个 string 直接粘贴进 html/md 文件里，如此就可以轻松到处迁移（本文采取此办法）。注意这个 string 需要包含 换行符，可以用  命令来转换：

 

　　首先，从 url 导入最新稳定版本的 3Dmol.js

 

　　创建 container，定义大小位置

 

　　接下来运行 3Dmol.js 生成组件。这里可以自定义背景颜色、原子渲染风格（sphere/stick/line/cross/cartoon/clicksphere）、晶格显示与否。记得要把的第一个参数（笔者随手写了个 CO2 的 xyz 举例）替换为自己的结构 string ，并且给出文件的格式

 

　　把上面这段放在 html 里就可以使用了，十分方便。

 

　　互动方式为：滚轮/右键拖拽=缩放，左键拖拽=旋转，ctrl+左键拖拽=平移

 

　　直接把上面的 html 代码块放进 md 文件即可，别忘了声明 html 环境

 

　　插入到笔者个人网站的 post 里看看效果。

 

　　首先是一个分子结构，NiPc(OMe)4*COOH 反应中间体[2]：

 

　　再看一个周期性体系，B-rich WB (001) 的重构表面[3]：

 

　　效果应该说是比较棒的，如果再仔细调整一下渲染的各个选项、参数，还可以更 fancy。